Die Verordnung des Naturschutzgebietes lässt keine Verschlechterung der ökologischen Bedingungen zu. Trotzdem kann sie eine Vertiefung der Weser nicht verhindern, denn das Bundesnaturschutzgesetz hat die Möglichkeit vorgesehen, in den Naturhaushalt einzugreifen und Schäden durch geeignete Maßnahmen auszugleichen.

Die geplante Vertiefung der Weser wird gravierende Folgen für Natur und Mensch haben:

• Der Tidenhub, also der Unterschied zwischen Niedrigwasser und Hochwasser, wird größer. Strömungsgeschwindigkeit und Turbulenzen nehmen zu. Für freischwimmende Lebewesen stellt das ein großes Problem dar.
• Es werden mehr Schwebstoffe aufgewühlt, die sich dann in ruhigeren Bereichen ablagern und diese weiter verschlicken. Die Schwebstoffe trüben das Wasser und behindern die Sauerstoffproduktion von Algen. 
• Das salzige Nordseewasser wird etwa einen Kilometer weiter in die Weser vordringen. Viele der dort heute lebenden Süßwasserfische, Insekten, Würmer, Muscheln und Schnecken können in dem nun salzigen Bereich nicht überleben. 
• Die Halbinsel Butjadingen wird mit Süßwasser aus der Weser versorgt. Durch diese Zuwässerung führen die Gräben auch in Trockenperioden ausreichend Wasser, und das Vieh hat genügend Trinkwasser. „Da absehbar ist, dass die bisherigen Zuwässerungssiele durch die Weservertiefung immer häufiger in den Brackwasserbereich geraten, müssen sie bei Realisierung der Unterweservertiefungen verlegt werden.“ Quelle: https://www.bund-bremen.net/fileadmin/bremen/Publikationen/Meeresschutz/Die_Wirkungen_der_Wesertiefung_erg_April2012.pdf Seite 12

2006 hat der BUND bereits erfolgreich gegen eine erneute Weservertiefung geklagt. Trotzdem wird an den Plänen festgehalten. Im September 2021 fand in Nordenham eine Aktion mit einer Menschenkette an der Weser statt, um gegen die Pläne zu protestieren.